21 stycznia 2021 został selekcjonerem reprezentacji Polski. Zastąpił na tym stanowisku Jerzego BrzęczkaPaulo Sousa selekcjonerem reprezentacji Polski 90minut.pl.. Poprowadził reprezentację na Mistrzostwach Europy 2020, gdzie Polska po remisie z Hiszpanią (1:1) i porażkach ze Słowacją (1:2) oraz Szwecją (2:3) zajęła ostatnie miejsce w grupie E, a także w eliminacjach do Mistrzostw Świata 2022, zajmując z polską drużyną narodową drugie miejsce w grupie I, gwarantujące udział w barażach. 29 grudnia 2021 rozwiązał kontrakt z Polskim Związkiem Piłki Nożnej za porozumieniem stronPaulo Sousa odszedł z reprezentacji Polski 90minut.pl..
Tego samego dnia został ogłoszony trenerem brazylijskiego klubu CR Flamengo. Został zwolniony 10 czerwca 2022 roku.
15 lutego 2023 został oficjalnie ogłoszony nowym szkoleniowcem US Salernitana 1919. Umowa została podpisana na pół roku, z opcją przedłużenia o dwa lata pod warunkiem, że klub utrzyma się w Serie A.