W czasie wojny trzynastoletniej miasto wraz z załogą zamku przystąpiło do Związku Pruskiego, konfederacji miast i szlachty Pomorza Gdańskiego, działającej przeciwko władzy Krzyżaków. Już w sierpniu 1455 podeszły pod miasto krzyżackie oddziały zaciężne pod dowództwem komtura von Plauena. Po zdobyciu zamku władzę przejął starosta krzyżacki. Władał nim do 1462, kiedy Krzyżacy oddali zamek sprzymierzającemu się wówczas biskupowi warmińskiemu Pawłowi Legendorfowi. W końcowym okresie wojny biskup ponownie przeszedł na stronę polską, a Reszel stał się miejscem koncentracji polskich wojsk.
W czasie tzw. wojny księżej w 1472 zamek, obsadzony przez rycerza mazurskiego w imieniu króla Polski, był bezskutecznie oblegany przez biskupa Tungena.
Podczas ostatniej wojny polsko-krzyżackiej w latach 1519–1521 biskup warmiński bez walki przekazał swe zamki polskim wojskom.