Podczas czerwonego terroru, mimo sprzeciwu części petersburskich działaczy został aresztowany za sabotaż i rozstrzelany przez bolszewików w 1918Historia życia koleżeńskiego technologów Polaków, [w:] Księga pamiątkowa inżynierów technologów Polaków wychowańców Instytutu Technologicznego w Petersburgu (w rocznicę stulecia uczelni), Warszawa 1933, s. 33. Miejsce jego pochówku nie jest znane. O jego śmierci pisał w Przedwiośniu, Stefan Żeromski, wkładając w usta Szymona Gajowca, mówiącego do Cezarego Baryki te oto słowa: "Ty przecie znasz Moskwę /.../. Jeden ci tak! wymienię; wzięty na zakładnika - dobre prawo! Witold Jarkowski, genialny wynalazca, świetny teoretyk awiatyki, profesor, najcudniejsza dusza człowiecza, ozdoba rodu ludzkiego, jako dzie­siąty w szeregu, stawiony pod ścianą bez żadnej winy, podle kulami zabity"Stefan Żeromski, Przedwiośnie, Warszawa 1928, s. 38. Przez wiele lat komunistyczna cenzura uniemożliwiała podkreślanie jego wkładu w historię lotnictwa Polski i Rosji, obecnie zrehabilitowany jako pionier lotnictwa.