Do 1993 w Starym Zoo prezentowano hipopotama nilowego „Jurka”, który był ostatnim przedstawicielem tego gatunku w Poznaniu.
Od 2000 r. thumb|Wybieg owiec kameruńskich w 2014 Z racji małej przestrzeni i wyznaczonych standardów hodowlanych większość dużych zwierząt takich jak małpy człekokształtne czy duże drapieżniki opuściła teren ogrodu. Od 2009 teren zabytkowego Starego Zoo jest udostępniany jako ogólnodostępny park. W 2012 r. otwarto Pawilon Zwierząt Zmiennocieplnych w którym prezentowane są gady, płazy i ryby w tym zagrożone wyginięciem warany z Komodo (wejście odpłatne). W 2020 w wyniku negatywnej oceny Europejskiego Stowarzyszenia Ogrodów Zoologicznych i Akwariów (EAZA), poznański Ogród Zoologiczny został zdegradowany do członka tymczasowego (pełnoprawny status uzyskał ponownie w 2023) – w związku z tym, utracił także członkostwo w ogólnoświatowej federacji WAZA. W 2021 w Starym Zoo otwarto pawilon dla żółwi lądowych i wodnych – budynek powstał w ramach poznańskiego budżetu obywatelskiego. 12 kwietnia 2024 Urząd Miasta Poznania rozwiązał umowę z dyrektorką ogrodu Ewą Zgrabczyńską w trybie dyscyplinarnym.