Tam uderzono go twardym przedmiotem w głowę i zastrzelono z pistoletów – oddano 4 strzały. Aby nikt nie wezwał pomocy, domowników trzymano pod lufami pistoletów do 3 nad ranem.
Śledztwo mały|240px|Pomnik pamięci ks. Michała Rapacza i ks. Jerzego Popiełuszki w Rajczy (2019) Okoliczności śmierci odtworzono na podstawie sprawozdania proboszcza w Trzebini, ks. Leona Bzowskiego z 1946, przeprowadzonej przez Milicję wizji lokalnej – śledztwo prowadził funkcjonariusz UB oskarżony potem o zamordowanie działacza PSL – Narcyza Wiatra Zawojnego, raportu z sekcji zwłok, oraz badań balistycznych i zeznań ponad 15 świadków.
W 1996 w sprawie śmierci ks. Rapacza wszczęto nowe śledztwo na podstawie doniesienia otrzymanego przez Komisję Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu. Zdołano ustalić nazwiska funkcjonariuszy UB, ale nikomu nie postawiono zarzutów. W 2002 umorzono śledztwo.
Pochowany został w rodzinnej parafii w Lubniu obok niedawno zmarłej matki, o czym zdecydowała Katarzyna Kutryba, rozżalona na miejscowych parafian.