Był współtwórcą krakowskiej szkoły historycznej, która badała przyczyny narodowych niepowodzeń Polaków„Szkoła” (nazwy tej używali jej przeciwnicy) nie zajmowała jednolitego stanowiska. Poglądy samego Szujskiego ulegały zmianom, początkowo sprzyjał tradycjom republikańskim. „Naturę jego poetyczną porywała idea misyi, liberalizmu i wolności; z drugiej strony uderzały go czynniki dezorganizacyjne, na które w silnym rządzie radby szukać lekarstwa. Słowem, lawirował Szujski pomiędzy szkołą Lelewelowską a monarchiczną Towarzy­stwa historyczno-literackiego w Paryżu” (Władysław Smoleński, Szkoły historyczne w Polsce: główne kierunki poglądów na przeszłość Warszawa 1887, s. 68). W tym duchu utrzymane zostały wczesne Dzieje Polski, zaś powstałe kilkanaście lat później Historyi polskiej ... ksiąg dwanaście były bardziej pesymistyczne i lojalistyczne.. Jeden z aktywnych krakowskich konserwatystów – stańczyków. W latach 1865–1883 był członkiem honorowym Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk.

Zmarł nie skończywszy 48 lat. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie, w grobowcu rodzinnym, w pasie 47.