Został osadnikiem wojskowym w kolonii Koweniów (powiat wilejski). Na początku 1927 został przewodniczącym komisji rewizyjnej Związku Piłki Nożnej w Wilnie. Od 1936 był zastępcą Komendanta Naczelnego Związku Legionistów Polskich, płk. dypl. Adama KocaZwiązek Legionistów Polskich : 1936–1938 r. : sprawozdanie Zarządu Głównego Związku Legionistów Polskich, Warszawa 1938, s. 33., a po jego przejściu na dłuższy urlop w styczniu 1938 objął funkcję prezesa ZLP. thumb|left|Pogrzeb gen. Jana Kazimierza Kruszewskiego w 2024 r. We wrześniu 1939 był dowódcą Grupy Operacyjnej w Armii Odwodowej „Prusy”. Po kampanii wrześniowej był w niewoli niemieckiej (m.in. jeniec obozu VII A Murnau), a po uwolnieniu osiedlił się we Francji.
thumb|Grób Jana Kazimierza Kruszewskiego na cmentarzu Wojskowym na PowązkachZmarł w Domu Spokojnej Starości Polskiego Funduszu Humanitarnego w Lailly-en-Val i został pochowany na miejscowym cmentarzu. W 2024 szczątki generała Kruszewskiego zostały sprowadzone przez Instytut Pamięci Narodowej do Polski. 12 września zostały złożone w Alei Zasłużonych Cmentarza Wojskowego na Powązkach w Warszawie.
2 września 2024 prezydent RP Andrzej Duda postanowieniem nr 112.64.2024 mianował pośmiertnie generała brygady Jana Kazimierza Kruszewskiego na stopień generała dywizji.