Początkiem końca Cesarstwa była rewolta Manuela Deodora da Fonseki, przyniosła kres jego panowaniu, a następnie w 1889 ustanowiono republikę.
Zasiedlenie przez kolonistów terenów północnych i północno-zachodnich Amazonii zostało przyśpieszone przez zbieractwo kauczuku naturalnego. Brazylia miała przez szereg lat monopol na eksport tego produktu na rynki światowe. Dopiero wprowadzenie plantacji kauczukowych przez Anglików na Cejlonie, w Malezji i Indonezji, spowodowało kryzys brazylijskiej gospodarki kauczukowej.
Republika 1889-1930 thumb|125px|Tymczasowa flaga Republiki Brazylii od 15 do 19 listopada 1889 thumb|125px|Flaga Brazylii od 1889 do dzisiaj Po zniesieniu niewolnictwa (1888) i proklamowaniu republiki federacyjnej (1889) zaczął wzrastać ruch imigracyjny z Europy i Azji. Do Brazylii przybywały miliony nowych obywateli, z czasem zmusiło to do wprowadzenia tzw. kwot imigracyjnych, ograniczający napływ ludności. 24 lutego 1891 parlament uchwalił nową konstytucję wzorowaną na ustawie zasadniczej USA. Brazylia została republiką federalną, z rozdziałem Kościoła od państwa. Jednak władza nadal pozostawała w rękach wielkich posiadaczy ziemskich.