Po lewej stronie znajduje się portret Pico Mirandola, którego podobizna znajduje się również w Toskanii w Galerii Uffizi.

W dolnej części kościoła znajduje się kapliczka Misericordia, gdzie stoi, wyrzeźbiona w drewnie, figurka Św. Sebastiana autorstwa Leonardo Tassini. Wzdłuż całej długości nawy głównej po obu stronach znajdują się małe kapliczki lub łukowe rzeźbienia, w których umieszczone są obrazy lub ołtarze. Tam też znajduje się obraz z roku 1498 Cosimo Rosselli, Madonna otoczona cherubinami i aniołami unoszącymi się ponad jej głową. Poniżej obrazu znajdują się sylwetki św. Ambrożego, św. Franciszka, św.Katarzyny z Aleksandrii i Jana Chrzciciela. Dalej znajdują się sceny z życia św. Franciszka – zatwierdzenie jego zakonu przez papieża Honoriusza III, otrzymanie stygmatów, jego śmierć w otoczeniu uczniów.

Po przeciwnej stronie nawy głównej widnieje obraz Zdjęcie z Krzyża pędzla Giottino. Scena ukazuje Marie Magdalenę, która otrzymuje ciało Zbawiciela od Nikodema. Obok biernie stoją Maria,(matka Jezusa), Jan Ewangelista i św.