Całokształt zmian wizualnych pozwolił odróżnić Mountaineera od bliźniaczego modelu Forda, nadając mu bardziej indywidualne cechy wyglądu.
Silniki V6 4.0l Cologne V8 5.0l Windsor
Druga generacja
thumb|225px|left|Mercury Mountaineer II po liftingu thumb|225px|left|Mercury Mountaineer II Premier po liftingu
Mercury Mountaineer II został zaprezentowany po raz pierwszy w 2000 roku.
W listopadzie 2000 roku, tym razem równolegle z bliźniaczym modelem Forda, Mercury przedstawiło zupełnie nową, drugą generację Mountaineera. Samochód przeszedł istotne zmiany zarówno pod kątem stylistyki, jak i listy wyposażenia oraz pozycjonowania w portfolio marek koncernu Forda. Pojawiła się masywniejsza sylwetka, a także dłuższe, szersze i wyższe nadwozie.
Ponadto pojawił się charakterystyczny, inny kształt reflektorów pozwalający odróżnić Mountaineera II od Forda Explorera. Samochód był pozycjonowany jako samochód pośredni między przystępnym cenowo Explorerem, a luksusowym Lincolnem Aviatorem.