W bocznym rokokowym ołtarzu po prawej stronie znajduje się obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem w typie tzw. piekarskim z XVII wieku. W drugim bocznym ołtarzu umieszczono krucyfiks pochodzący z drugiej połowy XIX wieku. Po lewej stronie umieszczono jeszcze jeden ołtarz boczny w formie tryptyku, pochodzący ze starego drewnianego kościoła. W jego części środkowej znajduje się wizerunek św. Anny Samotrzeć, na skrzydłach wewnętrznych śś. Dominik, Katarzyna Sieneńska, Franciszek oraz Jan Kanty. Po zewnętrznej stronie skrzydeł zobaczyć można śś. Jana Ewangelistę, Elżbietę, Barbarę, jeden ze świętych jest bez oznaczeń. Na predelli umieszczono wizerunek Narodzenia Chrystusa. Tryptyk jest późnorenesansowy, pochodzący najprawdopodobniej z 1600 r. Ostatni z bocznych ołtarzy jest późnobarokowy, datowany na połowę XVIII wieku, pochodzący z kościoła cystersów w Mogile.
Klasycystyczne organy zostały wykonane w 1848 r., posadzka pochodzi z zakupu wyposażenia z kościoła Wszystkich Świętych z Krakowa.
Wenątrz znajdują się również klasycystyczne nagrobki właścicieli Pleszowa: Jana Kirchmayera (zm. 1831) w kształcie kolumny na cokole oraz Mateusza Kirchmayera (zm.