W swoich zainteresowaniach badawczych podejmował badania nad historią kultury – materialnej i duchowej. Był jednym z pionierów, jeśli chodzi o te badania na gruncie polskim. Największe zasługi położył w badaniach nad historią kultury miast polskich w średniowieczu i okresie staropolskimJ. Kolbuszewska, Historia kultury jako samodzielna dyscyplina badawcza a lwowskie prace Jana Ptaśnika, [w:] Wielokulturowe środowisko historyczne Lwowa XIX i XX w., pod red. J. Maternicki, t. 3, Rzeszów 2004, s. 430-439; P. Pasisz, Historia kultury w twórczości historycznej Jana Ptaśnika (1876-1930), „Almanach Historyczny” 2017, t. 19, s. 121–133..
W 1931 otrzymał pośmiertnie Medal Niepodległości.
Wybrane publikacje Kultura włoska wieków średnich w Polsce Miasta i mieszczaństwo w dawnej Polsce Bonerowie, Rocznik Krakowski 1905 Studia nad patrycjatem krakowskim, Rocznik Krakowski, 1913 Kultura wieków średnich, Warszawa 1959 Dzieje handlu i kupiectwa w Krakowie, Kraków, 1911 Gli Italiani a Cracovia dal XVI secolo al XVIII, Rzym 1909 Papiernie w Polsce XVI w., Rozprawy PAU, t LXII, Kraków 1920 Życie żaków krakowskich, Warszawa 1957 Wieloletni redaktor Monumenta Poloniae Vaticana.
Przypisy