W sezonie 1999/2000 drużyna piłkarska zajęła pierwsze miejsce w III lidze i wywalczyła awans do II ligi. W sezonie 2000/2001 zespół uplasował się na trzeciej pozycji w II lidze, ale uległ w barażach Stomilowi Olsztyn. W sezonie 2002/2003 Górnik awansował do ekstraklasy z pierwszego miejsca. W najwyższej klasie rozgrywkowej występował jedynie przez jeden sezon. Przed sezonem 2011/2012 zespół otrzymał licencję na grę w I lidze jako KS Polkowice. Po rundzie jesiennej sezonu 2013/14 wycofał się z rozgrywek o mistrzostwo II ligi zachodniej. Sezon 2014/15 KS Polkowice rozgrywał w IV lidze w grupie dolnośląskiej. Zajął w niej drugie miejsce i zagwarantował sobie tym samym awans.
W sezonie 2015/16 zespół wywalczył pierwsze miejsce w III lidze w grupie dolnośląsko-lubuskiej, jednak przegrał baraż o mistrzostwo rozgrywek, przez co nie zdołał zapewnić sobie awansu. W 2018 roku klub powrócił do nazwy Górnik Polkowice. Dnia 25 maja 2019 roku zespół pod wodzą trenera Enkeleida Dobiego zapewnił sobie awans do II ligi 2019/2020. W sezonie 2020/21 Górnik na 3 kolejki przed końcem zapewnił sobie awans do I ligi, w której spędził tylko jeden sezon.