W grudniu tego samego roku 7 piłkarzy Cracovii zostało powołanych do reprezentacji Polski na pierwszy w historii mecz reprezentacji polski przeciwko reprezentacji Węgier. W kolejnym sezonie do mistrzowskiej drużyny dołączyli: Antoni Zasada, Jan Prochowski oraz Mieczysław Zimowski. Podczas przygotowań pokonali 8:2 drużynę Pogoni Katowice. W marcu tego samego roku przegrali spotkania sparingowe z czeskimi drużynami Unionu Ziżkov i Spartą Praga.
W lipcu 2002 właścicielem Cracovii została firma Comarch. Nowy właściel spłacił długi zaś trenerem został Wojciech Stawowy. Do drużyny dołączyli zawodnicy proszowianki oraz Szczakowianki. Drużyna na swoim boisku rozbiła m.in. Ładę Biłgoraj, Pogoń Staszów i ŁKS Niedźwiedź. W derbowym spotkaniu pokonali drużynę Hutnika Kraków.J jesienny bilans drużyny wynosił 11 zwycięstw 4 remisy i jedna porażka. Również w rundzie rewanżowej wygrała znaczną większość spotkań a awans ostatecznie uzyskała po wygranej 2:0 z drużyną Motoru Lublin.
14 sierpnia 2025 ogłoszono, że nowym właścicielem Cracovii został Robert Platek. Mniejszościowym udziałowcem została Elżbieta Filipiak, wdowa po prezesie Cracovii w latach 2004–2023 Januszu Filipiaku.