Współpracując z Freudem (głównie listownie) i Jungiem, Assagioli wkrótce zorientował się, że wszyscy oni są zainteresowani (włącznie z nim) w stworzeniu naukowego podejścia w psychologii, nazywając się naukowcami. Freud chciał wyraźnie obronić swą teorię, choć Jung był zdania, że może podlegać ona różnym spekulacjom, a Assagioli uważał ją za wstępną, mogącą ulegać zmianie. Już w trakcie pobytu w Klinice Bleulera w Szwajcarii Assagioli zorientował się, że Bleuler jest krytyczny w stosunku do Freuda, co powoli zarysowywało rodzaj schizmy między nimi. Roberto Assagioli był także członkiem International Psychoanalitic Society, jedynym Włochem, spośród 19 członków szwajcarskiej grupy. Jego artykuły ukazywały się wyjątkowo często w ufundowanym przez profesorów Z. Freuda i Bleulera czasopiśmie Jahrbuch fur Psychoanalytische und Psychopathologische Forschungen w latach 1909–1910.

W początku 1909 r. Assagioli opublikował artykuł The psychology of ideas-Forces and Psychagogy w Rivista di Psicologia Applicata (The Applied Psychology Review), gdzie zaprezentował wizję człowieka i psychologii, która (jak to sam określił w 1971 r.) zawierała główne założenia psychosyntezy w zarodku. W ciągu kolejnych lat system rozrastał się i jednocześnie był wyrażany w różnych aspektach jego bogactwa i piękna całości.