W dziale historycznym gromadzone są eksponaty i archiwalia dotyczące historii Przasnysza i regionu ze szczególnym uwzględnieniem dziejów rzemiosła i handlu. Do najcenniejszych zabytków zaliczyć należy sztandary cechów przasnyskich z XIX i 1. połowy XX w.
Zbiory ikonograficzne reprezentują m.in. obrazy z plenerów malarskich, obrazy olejne Olgierda Vetesco, płaskorzeźby Edmunda Majkowskiego i grafiki Wojciecha Ciesielskiego z cyklu Stary Przasnysz, fotografie w technice chromianowej-guma Tadeusza Myślińskiego.
Z archiwaliów do najciekawszych należą dokumenty rzemieślnicze z 1. połowy XIX w. Gromadzone są również dyplomy rzemieślników przasnyskich z okresu międzywojennego, dokumenty wystawione przez różne instytucje przasnyskie na początku XX wieku i w II RP, fotografie obrazujące przejawy życia kulturalnego i społecznego oraz zdjęcia dawnego Przasnysza z 1. poł. XX w. Dużą grupę stanowią archiwalia związane z martyrologią mieszkańców Przasnysza i okolic (np. listy, karty z więzień i obozów).