Od 2003 skład redakcji tworzyli: Wojciech Przybyszewski (redaktor naczelny do 2023), Lidia Bruszewska (zastępca redaktora naczelnego), Ewa A. Kamińska (sekretarz redakcji), Jarosław Komorowski.
W 2009 w okresie kryzysu gospodarczego Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego zmniejszyło dotację dla czasopisma o 1/3, w wyniku czego ostatni numer miał ukazać się we wrześniu 2009.
Do końca 2009 ukazały się kolejne numery miesięcznika, wszystkie o charakterze monograficznym: wrzesień – Europejskie Dni Dziedzictwa 2009, październik – historia i tradycja oręża polskiego, listopad – ochrona polskiego dziedzictwa kulturowego za granicą, grudzień – zabytki Warszawy.
Od stycznia 2010 wydawcą „Spotkań z Zabytkami” była Fundacja Hereditas w Warszawie. Zmieniła się też formuła miesięcznika, który zaczął ukazywać się co dwa miesiące (numery łączone). W 2023 roku wydawcą został Narodowy Instytut Konserwacji Zabytków.
Tematyka „Spotkania z Zabytkami” adresowane są do szerokiej rzeszy odbiorców – ludzi, którym nie jest obojętny los zabytków i szeroko pojmowanego dziedzictwa kulturowego w Polsce.