Prezesa Agencji powoływał Premier na wniosek Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi w porozumieniu z Ministrem Finansów. Organem wykonawczym i zarządzającym Agencji był Prezes, który kierował jej działalnością przy pomocy od dwóch do czterech zastępców i dyrektorów oddziałów terenowych. Zastępców Prezesa Agencji powoływał i odwoływał, spośród osób należących do państwowego zasobu kadrowego, minister właściwy do spraw rynków rolnych.
Na podstawie ustawy z dnia 10 lutego 2017 o Krajowym Ośrodku Wsparcia Rolnictwa i ustawy – Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowym Ośrodku Wsparcia Rolnictwa Agencja 1 września 2017 została połączona z Agencją Nieruchomości Rolnych i przekształcona w Krajowy Ośrodek Wsparcia Rolnictwa, natomiast jedyną płatniczą agencją UE w Polsce od tego momentu jest Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa.