Naczelnik urzędu skarbowego – organ podatkowy pierwszej instancji. Naczelnik urzędu skarbowego powoływany jest przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej na wniosek Dyrektora Izby Administracji Skarbowej i wykonuje zadania przy pomocy kierowanego przez siebie urzędu skarbowego. Naczelnika odwołuje Szef KAS.
Naczelnik Urzędu Skarbowego kieruje pracą Urzędu przy pomocy jednego lub więcej zastępców naczelnika, kierowników komórek organizacyjnych i innych pracowników zatrudnionych na stanowiskach samodzielnych. Kompetencje do podejmowania decyzji, podpisywania pism i wyrażania stanowiska naczelnika urzędu skarbowego w określonej sprawie, określa regulamin organizacyjny danego urzędu.
Naczelnik urzędu skarbowego prowadzi postępowanie podatkowe na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej. Organem odwoławczym od decyzji naczelnika urzędu skarbowego jest dyrektor izby administracji skarbowej.