Wywiązała się też naukowa polemika między Skinnerem, który, jak się zdaje, dopiero w 1935 zauważył, że istnieją dwa typy odruchów, przy czym klasyczny odruch Pawłowa nazywał odruchem drugiego typu, natomiast odruch instrumentalny odruchem I typu. Odpowiedzi Konorskiego i Millera ukazały się w 1937. Dopiero później Skinner wprowadził pojęcia operant behavior jako określenie dla odruchów instrumentalnych i respondent behavior na określenie odruchów klasycznych.

II wojna światowa We wrześniu 1939 zaczęła się wojna. Próba wydostania się spod okupacji niemieckiej przez Rygę do Anglii zakończyła się w okupowanym przez Rosjan Białymstoku. Konorski zaczął pracę w szpitalu psychiatrycznym w Choroszczy za miastem.

Po pewnym czasie udało mu się nawiązać kontakt ze znajomymi z instytutu Pawłowa i uzyskać zaproszenie do Leningradu. Konorskiemu zaproponowano wolny etat kierownika pracowni fizjologicznej w Podzwrotnikowej Stacji Badania Naczelnych w Suchumi, dokąd przyjechali w czerwcu 1940. Planowane doświadczenia na małpach nie doszły do skutku z powodu ataku Niemiec na ZSRR. Konorski z Lubieńską zajęli się medycyną wojskową.