Wszystko trzeba było organizować od zera – sprzęt, aparaturę, a także szkolić nowych fachowców na miejsce tych, którzy zginęli, dlatego dopiero w 1947 można było zacząć doświadczenia w Instytucie.
Konorski w wolnych chwilach pisał książkę ujmującą aktualny stan wiedzy o odruchach warunkowych. Latem 1946 dostał pozwolenie na wyjazd do Anglii, gdzie zajął się pracami nad tłumaczeniem i przygotowaniem jej do druku. Ukazała się w 1948 nakładem Cambridge University Press pod tytułem Conditioned Reflexes and Neuron Organization. Tymczasem w ZSRR i krajach socjalistycznych odruchy instrumentalne, jako niezgodne z poglądami (nieżyjącego) Pawłowa, uznano za rewizjonizm. W Polsce badania te były źle widziane, ale ich nie zakazano. Lucjan Stępień przeszkolił pracowników Instytutu w technikach chirurgii mózgu. Operując i prowadząc eksperymenty z odruchami można było teraz wniknąć w strukturę i rolę poszczególnych części mózgu. Okazało się, że płaty czołowe kory nie są niezbędne do powstawania odruchów, jednak bez nich słabły odruchy hamujące, reakcje były gwałtowne, mniej skoordynowane.