W 2001 zdecydowano się przedłużyć jej obecność rynkową w ramach gruntownej modernizacji.
Samochód otrzymał zupełnie nowy wygląd pasa przedniego tożsamy z równolegle debiutującym pick-upem Explorer Sport Trac, wyróżniając się dużymi prostokątnymi reflektorami nachodzącymi na błotniki i obszerną atrapą chłodnicy przedzieloną poprzeczką w kolorze nadwozia.
Ponadto, zmodyfikowana została także tylna część nadwozia, gdzie przeprojektowano reflektory, klapę bagażnika i tylny zderzak. W kabinie pasażerskiej zastosowano nowy projekt deski rozdzielczej odróżniający się wielobarwną fakturą materiałów, a także kołem kierownicy z kolorowym, niebieskim logo producenta. Pod tą postacią zmodernizowany Explorer Sport drugiej generacji wytwarzany był do 2003 roku, po czym zniknął z rynku bez bezpośredniej kontynuacji.
Silniki V6 4.0 OHV 160 KM V6 4.0 SOHC 205 KM V8 5.0 OHV 210 KM
Skandal wokół ogumienia thumb|225px|Rozszczepiona opona Firestone thumb|225px|Oderwany bieżnik w oponie Firestone Wilderness
Explorer II był pierwszym SUV-em na rynku, który wyposażony był równocześnie zarówno w poduszki powietrzne kierowcy, jak i pasażera.