Wojna trzynastoletnia i zwierzchnictwo Polski mały|Akt oddania się stanów pruskich królowi Kazimierzowi IV Jagiellończykowi i Koronie Królestwa Polskiego, 1454, Archiwum Główne Akt Dawnych Rozwój Ełku zahamowały konflikty zbrojne Polski i zakonu. Największych zniszczeń okolica doświadczyła podczas wojny trzynastoletniej. Mieszkańcy Ełku opowiedzieli się po stronie Związku Pruskiego i w 1455 r. wystąpili przeciwko krzyżackiej załodze. Zamek zdobyto i spalono, a garnizon wycięto (oszczędzono jedynie braci zakonnych). Warownia przechodziła z rąk do rąk. W 1456 r. do zamku powróciła załoga krzyżacka, w 1459 polskie wojska zaciężne wygnały krzyżaków, ale w 1462 r. zamek znowu jest we władaniu Krzyżaków. Po pokoju toruńskim (1466) osada pozostała w granicach państwa krzyżackiego, jednakże pod zwierzchnictwem polskim jako lenno Korony Królestwa Polskiego. Krzyżacy kontynuowali akcję kolonizacyjną. W XV w. wokół Ełku powstało wiele nowych wsi. Mimo to rozwój głównego ośrodka przebiegał powoli, a czasem się załamywał, bo jeszcze w 1483 i 1511 r. Ełk nazywany był „lichą wioszczyną”, choć posiadał pieczęć miejską.