Zniszczone po wojnie miasto stopniowo odradzało się. Szybszy rozwój ośrodka nastąpił po sekularyzacji Prus. W 1541 r. książę Albrecht Hohenzollern odwiedził Ełk w związku z prowadzonymi z Polską sporem granicznym. W 1554 r. Ełk po raz pierwszy wzmianki wymieniają „oppidam Lyccenses”, czyli miasteczko Ełk, a nie wieś. Książę wspierał rozwój ośrodka i w 1560 r. przeprowadził odnowienie przywilejów miejskich oraz przyznanie nowych. Efekt widoczny jest w kolejnych dokumentach, gdyż już w 1561 r. zapisano „Stadt Lyck”, czyli miasto Ełk. Odtąd Ełk już zawsze był nazywany miastem. mały|Tablica upamiętniającą dawną Akademię Mazurską i jej pierwszego rektora Hieronima Maleckiego, znajdująca się na budynku obecnego Zespołu Szkół Mechaniczno-Elektrycznych w Ełku. W akcie lokacyjnym wsi Ełk zagwarantowano dobra na funkcjonowanie kościoła – przekazano 4 łany dla św. Katarzyny Dziewicy oraz „księdzu tamże rezydującemu”. Parafia istniała w 1469 r., a pierwszym znanym z imienia proboszczem był Paweł, a z 1484 r. pochodzi informacja, że w kościele był ołtarz św. Katarzyny. Przed reformacją parafia ełcka należała do diecezji warmińskiej archiprezbiteratu w Reszlu. Po przejściu Albrechta Hohenzollerna na luteranizm, protestantyzm w wyznaniu luterańskim stał się obowiązującą religią państwową w Księstwie Pruskim.