Uczniowie przed południem rozmawiali tylko po łacinie, po południu Polacy mówili po niemiecku, a Niemcy po polsku. W 1599 r. nadano szkole rangę książęcej. W latach 1580–1640 aż 579 absolwentów szkoły ełckiej studiowało na uczelni w KrólewcuErwin Kruk, Warmia i Mazury, Wrocław 2003, s. 38, 62; S. Achremczyk, Ełk. Dzieje miasta, Ełk 2012, s. 91, 95, 106-109..
W 1639 w Ełku gościł król Polski Władysław IV Waza.
Na początku XVII w. wydawać się mogło, że troski mieszkańców Ełku związane z zagrożeniem wojennym ustały. Prusy były lennikiem Polski, ożywiły się kontakty z Mazowszem i Litwą. Jednak Ełk mimo korzystnej sytuacji ekonomicznej, nie mógł się intensywnie rozwijać z powodu nękających go epidemii dżumy w roku – 1559, 1563, 1653 oraz 1709 i 1710. Wkrótce po trzeciej wielkiej epidemii w czasie potopu szwedzkiego, w 1656 r., miała miejsce pacyfikacja Prus południowych przez wojska pod dowództwem hetmana polnego litewskiego Wincentego Gosiewskiego. Miasto zostało doszczętnie zniszczone, a cały region złupiony. Tereny wokół Ełku zostały całkowicie wyludnione, gdyż większość mieszkańców została porwana w jasyr przez oddziały tatarskie. W 1657 zakończył się okres zwierzchnictwa polskiego nad miastem.