Zadania Urząd był częścią aparatu kontroli i represji państwa wobec kościołów i związków wyznaniowych. Współpracował w tym celu z niemal wszystkimi ministerstwami, w tym: z Ministerstwem Oświaty (nauczanie religii, szkół wyznaniowych, seminariów duchownych), Ministerstwem Finansów (polityka podatkowa), Ministerstwo Budownictwa (budownictwo sakralne). Ściśle współpracował także ze Służbą Bezpieczeństwa.
Szefowie Urzędu 1950–1954 – Antoni Bida – dyrektor 1954–1955 – Jan Izydorczyk – dyrektor 1955–1956 – Marian Zygmanowski – dyrektor 1956–1961 – Jerzy Sztachelski – dyrektor (jednocześnie minister bez teki) 1961–1965 – Tadeusz Żabiński – dyrektor 1967–1974 – Aleksander Skarżyński – kierownik 1974–1980 – Kazimierz Kąkol – minister-kierownik 1980–1982 – Jerzy Kuberski – minister-kierownik 1982–1987 – Adam Łopatka – minister-kierownik 1987–1989 – Władysław Loranc – minister-kierownik