W następnych latach grywała w serialach telewizyjnych, w filmach telewizyjnych i kinowych, m.in. w familijnym Flubberze u boku Robina Williamsa. W 2000 roku wystąpiła w biografii Jacksona Pollocka – filmie pt. Pollock, w którym wcieliła się w postać żony malarza Lee Krasner. Za tę rolę otrzymała Oscara dla najlepszej aktorki drugoplanowej.
W 2003 roku aktorka otrzymała nominację do Oscara, tym razem za rolę w filmie Clinta Eastwooda Rzeka tajemnic, w którym partnerowali jej m.in. Sean Penn, Tim Robbins, Kevin Bacon, Laurence Fishburne i Laura Linney.
W 2007 roku Sean Penn zaangażował Harden do filmu Wszystko za życie. W 2009 roku Marcia zagrała w telewizyjnym filmie biograficznym poświęconym Irenie Sendlerowej. W filmie Dzieci Ireny Sendlerowej wcieliła się w postać matki głównej bohaterki, Janiny Krzyżanowskiej. Za rolę otrzymała nominację dla najlepszej aktorki drugoplanowej do nagrody Emmy. W tym samym czasie dołączyła do obsady drugiego sezonu serialu Układy. W 2009 roku otrzymała również nagrodę Tony dla najlepszej aktorki w sztuce, za rolę w przedstawieniu God of Carnage, który został również uznany za najlepszą sztukę roku.