W wyniku tychże działań najlepszych piłkarzy krakowskiego zespołu przeniesiono w ramach poborów do stolicy, wśród nich Kowala.
Legia Warszawa (1953–1956) W sezonie 1954 trenerem Legii został Węgier János Steiner, który przez słabe wyniki nieustannie szukał optymalnego ustawienia oraz nowych zawodników. W sześciu pierwszych meczach ligowych Legia strzeliła tylko dwie bramki – autorem jednej z nich był Kowal – zaś dwa punkty zdobyła po bezbramkowych remisach. Niepodważalną pozycję u Steinera miał Kowal, który wystąpił w osiemnastu spotkaniach i strzelił cztery gole. W barwach Legii zadebiutował w spotkaniu o Puchar Polski przeciwko Ślęzy Wrocław (1:2 pd., 15 listopada 1953 roku), natomiast pierwszą bramkę zdobył w przegranym meczu z Górnikiem Radlin (4:1, 4 kwietnia 1954 roku). Legia zajęła w lidze siódme miejsce zapewniając sobie utrzymanie po wygranej w przedostatniej kolejce z Cracovią (0:2, 21 listopada 1954 roku), zaś w rozgrywkach Pucharu Polski dotarła do półfinału, w którym przegrała z Gwardią Warszawa (2:1, 17 lipca 1954 roku).