został dowódcą 4 Armii na Morawach, a po podpisaniu układu monachijskiego – 3 Armii. Na początku 1939 r. mianowano go na krótko na stanowisko ministra finansów i spraw wewnętrznych. W dniach 6–14 marca, po stłumieniu przez rząd czechosłowacki dążeń do autonomii słowackiej, pełnił funkcję wojskowego gubernatora Rusi Podkarpackiej.
Wobec ogłoszenia 14 marca przez Słowację niepodległości i zajęciu Czechosłowacji przez wojska niemieckie następnego dnia pozostał bez przydziału. 22 maja przyjechał do Polski i nawiązał kontakt z władzami wojskowymi w celu sformowania czeskich i słowackich oddziałów do walki z Niemcami.
II wojna światowa i emigracja 3 września 1939 r. stanął oficjalnie na czele Legionu Czechów i Słowaków utworzonego dekretem Prezydenta RP Ignacego Mościckiego. Wobec szybkich postępów wojsk niemieckich wraz z częścią legionistów przeszedł do Rumunii, a następnie znalazł się w Wielkiej Brytanii. Przez cały okres wojny pozostawał w dyspozycji emigracyjnego rządu czechosłowackiego Edvarda Beneša. Był jego przeciwnikiem, zajmując stanowisko prawicowe. Skłaniał się ku odbudowie po wojnie osobnego państwa czeskiego. Po zakończeniu wojny pozostał na emigracji, działając m.in. w Czeskim Komitecie Narodowym w Londynie i współpracując z organizacjami Niemców sudeckich.