W czasie II wojny światowej zakonnicy ponownie musieli opuścić klasztor (trzech z nich - o. Cherubin Walenty Kozik, o. Karol Ochoński i o. Alojzy Maciej Poprawa zakończyli swoje życie w niemieckich obozach koncentracyjnych)Praca zbiorowa pod redakcją Zbigniewa Chodyły, Dzieje Kazimierza Biskupiego, wyd. 2, Konin: Wydawnictwo „Aspeks”, 2001, s. 222-223, ISBN 83-88349-03-01. Wiele lat później, w 2011 roku, zakończył się proces beatyfikacyjny na etapie diecezjalnym o. Alojzego Macieja Poprawy – przeora oraz o. Cherubina Kozika. Erem kamedulski przejęli Niemcy, tworząc w nim ośrodek szkoleniowy dla Hitlerjugend. Okupanci niemieccy zdewastowali prawie cały klasztor, a nawet dopuścili się profanacji szczątków zmarłych zakonnikówJerzy Jaworski, Blizny, wyd. 1, Marki 2018, wydano nakładem autora, s. 23, ISBN 978-83-934718-8-1. Po zakończeniu działań wojennych ponownie kilku mnichów przyjechało z eremu krakowskiego, aby reaktywować fundację.