W 1992 prezydent Collor był sądzony za korupcję i poddany próbie impeachmentu. We wrześniu, w czasie jego procesu w parlamencie, Franco został pełniącym obowiązki prezydenta, zaś po uznaniu Collora winnym, formalnie objął prezydenturę w grudniu tegoż roku.
Kiedy obejmował urząd szefa państwa, Brazylia znajdowała się w ogromnym kryzysie gospodarczym, a poziom inflacji sięgał aż 1100%, a w 1993 – 6000%. Rząd Franco, postrzeganego powszechnie jako bystry i żywy przywódca, wyprowadził kraj z kryzysu, realizując program powołanego przezeń ministra finansów Fernando Henrique Cardoso. Za prezydentury Franco, w kwietniu 1993, odbyło się referendum w sprawie formy rządów. 66% głosujących opowiedziało się za republiką, podczas gdy 10 za restauracją monarchii. Następnie, za prezydencką formą rządów 55%, z za parlamentarnym 25%.
Cardoso został następcą Franco, który go poparł, w wyborach 1994, obejmując urząd 1 stycznia 1995. Mimo wcześniejszej współpracy były prezydent Franco został szybko jego krytykiem, zwłaszcza programu prywatyzacji.