Również uzbrojenie zredukowano do działka 20 mm i dwóch km-ów z uwagi na konieczność zmniejszenia masy; takie też uzbrojenie trafiło na samoloty seryjne.
Pierwszy prototyp I-26-1 ukończono w ostatnich miesiącach 1939 roku, próby naziemne rozpoczęto 1 stycznia 1940, a pierwszy lot maszyna odbyła 13 stycznia tego samego roku. Podczas prób, wykryto jednak liczne wady samolotu wynikające z niedopracowania konstrukcji i jej zbyt małej wytrzymałości, wiążącej się ze wzrostem masy w stosunku do zakładanej. Prototyp m.in. piętnaście razy musiał przymusowo lądować, a 27 kwietnia, w swoim 43. locie uległ katastrofie, w której zginął jego oblatywacz Julian Piontkowski (za prawdopodobną przyczynę uznano uszkodzenie konstrukcji skrzydła przez wysunięcie się, a następnie wyłamanie podwozia w locie). 23 marca 1940 oblatano drugi nieco ulepszony prototyp I-26-2. Między innymi, otrzymał on powiększony statecznik pionowy i chłodnicę oleju pod silnikiem, charakterystyczne dla wszystkich dalszych wersji Jaka-1 i większości myśliwców rodziny Jak. Mimo dalszego wykazywania niedostatków technicznych, osiągnął on prędkość 595 km/h. W dniach 1-15 czerwca 1940 przeprowadzono próby państwowe, których jednak prototyp nie przeszedł;