Napęd ten jednak stwarzał duże problemy, a w końcu 16 sierpnia 1945 samolot podczas prób uległ katastrofie z nieustalonych przyczyn.
Testowano też Jaka-3 z eksperymentalnym silnikiem WK-108 o mocy 1550 KM. 21 grudnia 1944 osiągnął on na próbach prędkość 745 km/h. Silnik ten jednak nie nadawał się do eksploatacji i prace nad tym samolotem zakończono.
Równolegle z samolotem Jak-3P, na początku 1945 opracowano wersję Jak-3T z jeszcze silniejszym uzbrojeniem z działka 37 mm N-37 (25 nabojów) i dwóch działek 20 mm B-20S (po 100 nabojów). Miała ona kabinę przesuniętą do tyłu oraz szereg elementów zdjętych w celu zmniejszenia masy; wyróżniała się lufą działka wystającą z kołpaka śmigła. Wersję tę oblatano 24 stycznia 1945. Osiągała ona prędkość do 629 km/h, niemniej jednak badania państwowe od lutego do kwietnia 1945 ukazały wady, głównie ponowne przegrzewanie silnika. Wskutek zakończenia wojny i istnienia podobnych samolotów Jak-9T i Jak-9UT, dalej wersji tej nie rozwijano.
Istniała również zbliżona do Jaka-3T wersja Jak-3K z działkiem 45 mm NS-45, przeznaczona specjalnie do zwalczania czołgów, lecz nie weszła do produkcji.