Żeby sprawdzić, czy występują takie niespecyficzne wiązania, można przeprowadzić analizę krzywej topnienia. Polega ona na stopniowym podnoszeniu temperatury mieszaniny do momentu denaturacji DNA i pomiarze fluorescencji co 0,5 °C. W momencie osiągnięcia temperatury topnienia produktu następuje bardzo gwałtowna denaturacja i ostry spadek fluorescencji. Na krzywej topnienia można to zaobserwować w postaci piku. Jeżeli obecny jest tylko jeden specyficzny produkt, to wystąpi jeden pik, ponieważ każdy dwuniciowy odcinek DNA ma charakterystyczną dla siebie temperaturę topnienia.
Detekcja specyficzna Najczęściej używane metody detekcji sekwencji kwasów nukleinowych wykorzystują zjawisko transferu energii między flourochromami na drodze rezonansu (FRET). W mieszaninie reakcyjnej startery lub sonda wyznakowane są fluorescencyjnie. Podczas reakcji dochodzi do przeniesienia energii zaabsorbowanej przez jeden fluorofor na drugi, który emituje światło o innej długości lub dochodzi do wygaszenia emisji fluoroforu przez związek wygaszający.
Sondy TaqMan