Sondy TaqMan wymagają temperatury 60 °C, aby proces przebiegał prawidłowo, ponieważ w tej temperaturze proces degradowania sondy przez polimerazę zachodzi najbardziej wydajnie, dlatego w czasie procesu PCR temperatura oscyluje między 60 a 95 °C.
Metoda ta została później ulepszona. Zamiast standardowego wygaszacza fluorescencji (TAMRA), na końcu 3’ została umieszczona cząsteczka NFQ (ang. non-fluorescent quencher), która nie emituje żadnego światła. Sonda taka zawiera także cząsteczkę stabilizującą dupleks sonda–sekwencja szukana poprzez wiązanie się z małym rowkiem DNA (ang. minor groove binding probe, MGB probe). To pozwoliło na użycie bardzo krótkich sond (14 nukleotydów), gdyż w wyniku interakcji MGB z DNA podniosła się ich temperatura topnienia o 15–30 °C. Użycie krótkich sond jest bardzo korzystne, jeśli chce się wykryć polimorfizm pojedynczego nukleotydu, ponieważ takie oligonukleotydy są łatwiej, niż dłuższe, destabilizowane przez zmiany nukleotydów w matrycy.
Sondy HybProbes