Niektórzy użytkownicy narzekają, że prowadzi to do utraty aktywnych źródeł, a co za tym idzie, do zwolnienia prędkości ściągania.
Innymi ostatnimi dodatkami do eMule jest możliwość uruchomienia eMule z konta użytkownika z ograniczonymi uprawnieniami (co poprawia bezpieczeństwo) i inteligentne wyłapywanie błędów w ściąganych plikach (dzięki czemu błędna część pliku o wielkości 9,28 MB nie musi być ściągana od nowa).
Nowością w wersji 0.46b jest tworzenie i zarządzanie „kolekcjami” plików, które zawierają zbiór linków do plików zamierzonych do ściągnięcia w komplecie.
W wersji 0.47b dodano protokół maskowania pozwalający na ominięcie ograniczenia przepustowości nakładanego przez ISP. Ta opcja może być przydatna dla użytkowników, którzy nie chcą zmieniać swojego providera internetowego, lecz może prowadzić do jeszcze szerzej zakrojonego limitowania łączy przez dostawców. (Uwaga: protokół maskowania nie zapewnia prywatności ani anonimowości.)
eMule jest obecnie uważany za program stabilny i nowe wersje nie są już wydawane tak często, jak kiedyś. Obecna przerwa między kolejnymi wersjami to 2-3 miesiące.
Zaleca się zamianę domyślnych portów eMule na wyższe (np.