Na wczesnym etapie misji okresowo występowały zakłócenia skutkujące porzuceniem Kanopusa przez szukacza. Zdarzyło się to sześciokrotnie w ciągu 3 tygodni, za każdym razem wymagając wydania odpowiednich komend radiowych z Ziemi. Wysnuto wniosek, że zakłócenie może pochodzić od światła słonecznego rozpraszanego na cząstkach pyłu w pobliżu lokalizacji Kanopusa na nieboskłonie. Jeśli jasność obiektu przekroczyła ośmiokrotną jasność Kanopusa, statek rozpoczynał szukanie nowego punktu odniesienia. Wartości zakresu były ustalone tak, aby uniknąć ciągłego ustawiania się szukacza na Ziemię, dlatego 17 grudnia 1964 zniesiono to ograniczenie, jako już niepotrzebne. Skutki problemu ustąpiły, aczkolwiek do zbliżenia do Marsa zarejestrowano go jeszcze 38 razy.
Lot międzyplanetarny Podczas 7,5 miesiąca lotu Mariner 4 wykonał jeden manewr, 5 grudnia 1964. Pierwotnie miał być wykonany 4 grudnia, jednak z powodu chwilowej utraty namiaru na gwiazdę Kanopus, przełożono go. Manewr polegał na obrocie statku w dwóch osiach, o -39,16° i +156,08°, i włączeniu silnika na 20,07 sekundy. Manewr zwrócił silnik na powrót w kierunku Ziemi, tj. do pozycji z początku lotu. Obrót statku został wykonany z dokładnością powyżej 1%, a przyspieszenie, ok. 2,5%.