Był przenoszony w różne miejsca i ostatecznie znalazł się na południe od Calais, gdzie uwolnili go niemieccy żołnierze.

Okupacja niemiecka thumb|250px|Ślub z Florentine Heubel w 1940 roku Na początku czerwca 1940 roku powrócił do okupowanej Holandii i podjął politykę kolaboracji z Niemcami. Sprawował kontrolę nad dziennikiem „Het Volk”. Organizował rekrutację Holendrów do Pułku SS „Westland”, który wszedł w skład 5 Dywizji Pancernej SS „Wiking”. 11 września współtworzył Nederlandsche SS, do którego w całości włączono Mussert-Garde. Jednakże jego rola w NSB i potraktowanie przez Niemców nie odpowiadały jego ambicjom dlatego w lutym 1941 roku postanowił wstąpić ochotniczo do Pułku SS „Westland”, ale jego kandydatura została odrzucona. Przeciwstawił się temu Komisarz Rzeszy Arthur Seyss-Inquart, który pod wpływem H. Himmlera mianował R. van Tonningena prezydentem Narodowego Banku Holandii, a następnie sekretarzem generalnym finansów w administracji holenderskiej. W czerwcu 1942 otrzymał także funkcję prezydenta Nederlandse Oostcompagnie. Do jego zadań należało koordynowanie holenderskiego udziału w kolonizacji „Ostlandu” (krajów bałtyckich i Ukrainy). Po lądowaniu aliantów w Normandii 6 czerwca 1944 roku, ponownie podjął starania o przyjęcie do Waffen-SS i tym razem został przyjęty.