W 1998 Logan Mader spóźnił się na jedną z sesji treningowych zespołu. Pod wpływem metamfetaminy zaczął przeklinać oraz obrażać pozostałych członków Machine Head. Natychmiast został wyrzucony z zespołu, a na jego miejscu pojawił się Ahrue Luster.
10 sierpnia 1999 ukazał się trzeci album studyjny grupy zatytułowany The Burning Red. Jego producentem został Ross Robinson współpracujący z takimi zespołami jak Korn, Limp Bizkit, Sepultura, Coal Chamber, Soulfly oraz Slipknot. Płyta obfitowała w elementy hip-hopowe, co wielu fanów uważało za złe posunięcie i odwróciło się od zespołu.
2001–2010 thumb|Adam Duce podczas koncertu na festiwalu Sonisphere Festival w Kirjurinluoto, Pori, Finlandia (2009). W 2001 Machine Head wydał album Supercharger, którego producentem był Jonny K. Album poniósł komercyjną klęskę, winę tego upatrywano w bliskości premiery do wydarzeń 11 września. Po wydaniu płyty zespół wyruszył w trasę koncertową i po raz kolejny trafił do Polski, tym razem na dwa koncerty: 4 listopada w Warszawie oraz 5 listopada w Krakowie. Występy Amerykanów poprzedzał występ polskiego None.
W 2002 z zespołu odszedł Ahrue Luster, w wyniku rozbieżności między nim a Robbem Flynnem. Na jego miejsce przyjęto kolegę Roberta z czasów Vio-lence: Philla Demmela.