Doprowadziło to rzucenia przez biskupa na miasto interdyktu.
Katedra barokowa thumb|left|200px|Wnętrze katedry W 1724 roku biskup Aleksander Antoni Fredro herbu Bończa postanowił nadać gotyckiej katedrze stylistykę barokową. Powstała też w tym czasie barokowa kaplica Fredrów. Podczas przebudowy w prezbiterium umieszczono potężny barokowy Wielki Ołtarz i nowe stalle Niedługo po zakończeniu prac w 1733 roku zawaliło się sklepienie, niszcząc częściowo wyposażenie kościoła oraz krypty. Do roku 1743 kościół odbudowano, a w 1744 r. biskup Hieronim Sierakowski poświęcił odbudowaną świątynię. Zbudowano też wtedy pierwsze piętro dzwonnicy.
Od 1884 roku do 1907 trwała renowacja świątyni pod kierunkiem Tomasza Prylińskiego, a za rzeźby odpowiadał Ferdynand Majerski – dla upamiętnienia jego głowa została wykuta w kamieniu na fasadzie świątyni. W tym czasie przywrócono najstarszym częściom kościoła, a więc prezbiterium, charakter gotycki. Dobudowano też drugą kondygnację wieży ustawiając w narożnikach posągi i montując tarcze zegarowe. Całość zwieńczono hełmem.