Po powrocie do Warszawy na krótko aresztowany przez Gestapo, po uwolnieniu wobec rozpoczętych masowych aresztowań polskich polityków (Akcja AB) przeszedł na stopę nielegalną, przez całą wojnę ukrywając się na fałszywych dokumentach. Pomimo przyjętych środków ostrożności (m.in. fikcyjny rozwód (separacja kanoniczna) z żoną) po zaostrzeniu terroru okupanta w 1943 cała jego rodzinaCzternastoletni syn Andrzej Stypułkowski został również aresztowany, ale udało się go wydobyć z Gestapo. (żona Aleksandra Stypułkowska, matka) została aresztowana i wywieziona do obozów koncentracyjnych w Rzeszy.
Od 1942 członek Tymczasowej Komisji Rządzącej, następnie Wojennego Zarządu Głównego Stronnictwa Narodowego. Był przeciwny sposobowi, w jaki kierownictwo stronnictwa przystąpiło do Armii Krajowej. Wyszedł z częścią Narodowej Organizacji Wojskowej i założył wespół z ONR Narodowe Siły Zbrojne. W latach 1943–1944 sekretarz generalny Tymczasowej Narodowej Rady Politycznej. Nie przestał politycznie uważać się za członka SN. Po dwóch latach (w marcu 1944) zawarł własną umowę scaleniową Narodowych Sił Zbrojnych (NSZ) z Armią Krajową, rozszedł się z ONR, powrócił do SN, wziął udział w powstaniu warszawskim (za zasługi podczas powstania został odznaczony Złotym Krzyżem ZasługiZbigniew Krotke: Polski Krzyż Zasługi 1923-2000. Dzieje i katalog.