[dostęp 23.05.2010], a jemu samemu nagrodę dla najlepszego piłkarza Ligi Mistrzów w sezonie 2009/10. Goal.com uznał Milito za najlepszego napastnika i piłkarza Serie A w sezonie 2009/10, a także znalazł się w jedenastce LM. 7 lipca 2010 r. podpisał nowy, czteroletni kontrakt wiążący go z Interem do czerwca 2014 r. Pomimo zdobycia z klubem w grudniu 2010 r. Klubowego Mistrzostwa Świata nie został nominowany do Złotej Piłki. W drugim sezonie Milito nie nawiązał do swych wcześniejszych dokonań, co wiązało się z kontuzjami jakie odnosił w okresie od lipca do kwietnia 2011 r. 22 września 2010 zdobył dwa gole w meczu z AS Bari. 29 maja 2011 r. strzelił bramkę w finałowym spotkaniu Pucharu Włoch z US Palermo zakończonym rezultatem 3:1. 11 grudnia 2011 r. otrzymał Bidone d’Oro przyznawany największemu rozczarowaniu roku. Strzelecką formę El Principe odzyskał w sezonie 2011/12 w którym zdobył ogółem 26 bramek, w tym 24 w lidze, które dały mu drugie miejsce w klasyfikacji najlepszych strzelców. Warte przytoczenia są: dwa gole i asysta w potyczce z FC Parma (7 stycznia), trafienie w derbowym spotkaniu z Milanem (15 stycznia 2012), cztery gole w starciu z Palermo (1 lutego), hat trick w dniu 1 kwietnia 2012 r. w meczu z Genoą (1 kwietnia) oraz hat trick i asysta w drugim spotkaniu derbowym z Milanem (6 maja). 3 listopada 2012 r.