Oddziaływania międzygatunkowe Zarośla woskownicy w przypadku zgryzania przez roślinożerców są niskie, sięgając do 0,5 m (woskownica jest zgryzana przez kozy, owce i zająca bielaka). Na gatunku tym rozwija się wiele patogenów grzybowych i owadów, przy czym czynnikiem chroniącym przed nadmierną presją roślinożernych bezkręgowców jest olejek lotny, działający na nie szkodliwie w przypadku spożycia. Spośród wielu gatunków owadów żerujących lub w różny sposób związanych z woskownicą, krzew ten jest szczególnie istotny dla utrzymania rzadkich i ginących motyli takich jak: Eugraphe subrosea, Eurois occulta i kosternika palemona (Carterocephalus palaemon). Zarośla woskownicy są też ważnym siedliskiem dla cietrzewia.
Silnie rozrastające się odroślowo zarośla woskownicy mogą powodować spadek różnorodności gatunkowej towarzyszących roślin z powodu silnego zacienienia.
Symbioza Woskownica europejska należy do nielicznych rodzajów roślin naczyniowych żyjących w symbiozie z promieniowcami z rodzaju Frankia. Bakterie te wnikają z gleby do korzeni woskownicy poprzez włośniki. Nici promieniowców docierają do wnętrza korzenia, te nabrzmiewają i wielokrotnie się rozgałęziają, tworząc kuliste skupienia brodawek.