Kolejne lata nie były już tak udane dla koncernu. We znaki dawała się konkurencja ze strony Airbusa, który sukcesywnie wprowadzał nowe typy samolotów, wypierając Boeinga z rynków, na których był on praktycznie monopolistą. Nadzieją jest nowy samolot średniodystansowy B787 Dreamliner, znany również jako B7E7, który miał wejść do użytku w 2008. Jednak z różnych powodów jego pierwszy lot testowy odbył się dopiero 15 grudnia 2009. Firma twierdzi, że jeszcze przed oblataniem miała zamówienia na 850 maszyn, z których każda sprzedana będzie za około 150 mln dolarów. Dużą porażką dla firmy, nie tylko finansową, ale i prestiżową, była przegrana jej projektu X-32 w konkursie na nowy samolot bojowy (Joint Strike Fighter), następcę wysłużonych już amerykańskich maszyn. Boeing został również oskarżony o szpiegostwo przemysłowe przez konkurencyjny koncern Lockheed Martin. Karą stało się anulowanie przez Pentagon kontraktów o miliardowej wartości.
Według badania waszyngtońskiej organizacji Good Jobs First koncern Boeing otrzymał ok.