W 1942 roku reaktywował się konspiracyjny Polski Instytut Socjologiczny; Obrębski wszedł w skład jego zarządu (wraz ze Stanisławem Ossowskim i Stanisławem Rychlińskim). W momencie rozpoczęcia działalności Polskiego Instytutu Socjologicznego w 1945 roku w Lublinie, a wkrótce potem w Łodzi, Józef Obrębski rozpoczął pracę w jego zarządzie, oraz w komitecie redakcyjnym „Przeglądu Socjologicznego”. Został też członkiem Komisji Socjologicznej Polskiej Akademii Umiejętności i członkiem Zarządu Towarzystwa Ludoznawczego. W kwietniu 1945 roku wznowił pracę w Wolnej Wszechnicy Polskiej w Łodzi, która wkrótce przekształciła się w Uniwersytet Łódzki. Od września objął katedrę etnologii w nowo utworzonym Instytucie Socjologicznym Uniwersytetu Łódzkiego. W roku 1946 wyjechał do Londynu wraz z żoną i synem Stefanem, na zaproszenie ze strony Sir Edwarda Evans-Pritcharda, aby wygłosić cykl gościnnych wykładów The Changing Peasantry of Eastern Europe (Chłopstwo wschodnioeuropejskie w procesie przemian).