W Berlinie Zachodnim W czasie II wojny światowej w 1944 budynek muzeum został silnie uszkodzony, większą część zbiorów jednak uratowano – przede wszystkim jednak wielki model kolejowy w skali 1:43 uległ całkowitemu zniszczeniu. Po wojnie przekazano budynek – tak jak wszystkie urządzenia kolejowe na terenie Berlina – znajdującej się pod zarządem radzieckim dyrekcji Deutsche Reichsbahn, mimo że znajdował się on na terenie brytyjskiej strefy okupacyjnej, bezpośrednio przy granicy stref. Budynek ogrodzono i uniemożliwiono dostęp publiczności do budynku. Dzięki zaangażowaniu wielu kolejarzy-entuzjastów budynek, jak i zbiory zostały jednak zachowane. Dyrekcja kolei nie chciała ani nie mogła udostępnić budynku jako muzeum, gdyż umowa między aliantami ograniczała jej zadania na terenie Berlina Zachodniego do usług transportowych.
Po tym jak BVG przejęły ruch na położonych w Berlinie Zachodnim liniach S-Bahn, także Hamburger Bahnhof został przekazany senatowi Berlina. Po wstępnych pracach zabezpieczających budynek został udostępniony zwiedzającym, po czym zdecydowano się na gruntowną renowację.
Zbiory dawnego Muzeum Transportu i Budownictwa przekazano do Muzeum Komunikacji w Dreźnie oraz do Niemieckiego Muzeum Techniki w Berlinie.