W 2015 poślubił brytyjskiego komika, Elliotta Spencera.
Kontrowersje
W październiku 2009 w wywiadzie dla programu Channel 4 News, mówiąc na temat listu otwartego przeciw sojuszowi brytyjskich Torysów i polskiego Prawa i Sprawiedliwości w Parlamencie Europejskim, zasugerował, że Polacy mieli współudział w zbrodni holocaustu oraz że obóz koncentracyjny Auschwitz-Birkenau został nieprzypadkowo wybudowany w okupowanej Polsce. Spotkało się to z bardzo ostrą reakcją m.in. Ambasady RP w Londynie, która w specjalnym oświadczeniu uznała tego rodzaju wypowiedzi za błędne i szkalujące. Kilka dni później w jednej z wiadomości opublikowanych w portalu Twitter Fry stwierdził, iż mógł wyrazić się lepiej i żywi do Polaków wyłącznie sympatię i szacunek. 19 października Fry zamieścił znacznie bardziej obszerne przeprosiny na swojej stronie internetowej. Uznał w nich, iż jego wypowiedź była idiotyczna, ignorancka i obraźliwa. Nazwał ją także śmieciowatą, tanią i obraźliwą uwagą, której od tamtej pory wciąż żałuję. Wyraził także żal, iż zabrakło mu rozumu, stylu, wdzięku i jaj, aby złożyć swoje oficjalne przeprosiny wcześniej, np. podczas wywiadu dla polskich mediów, o który był wielokrotnie proszony, lecz odmawiał.