We wczesnym średniowieczu Dniepr był ważną częścią magistrali rzecznej północ-południe, zwanej szlakiem „od Waregów do Greków”, łączącej Skandynawię z Konstantynopolem. Szlak przyczynił się do znaczenia roli Kijowa jako jednego z najbogatszych miast Europy. W dorzeczu Dniepru powstała Ruś Kijowska.
Od XIV wieku Dniepr kontrolowało Wielkie Księstwo Litewskie (w unii z Polską), a od zawarcia unii lubelskiej (1569) jego dorzecze (poza górnym biegiem i ujściem) leżało na terytorium Korony Królestwa Polskiego. Od połowy XVII wieku do II rozbioru (1793) na długim odcinku Dniepru biegła granica między Rzecząpospolitą a Cesarstwem Rosyjskim.
Pomiędzy górną Dźwiną i górnym odcinkiem Dniepru znajduje się obszar zwany Bramą Smoleńską, który miał strategiczne znaczenie w wielu konfliktach zbrojnych.
Dniepr w kulturze Dniepr był wiele razy tematem malarstwa, poezji i literatury w dziełach artystów polskich, rosyjskich, białoruskich i ukraińskich.