W 1961 roku połączono obie grupy II ligi w jedną, złożoną z 18 zespołów. Była w niej również Calisia. Jednak na koniec sezonu 1961 kolejna redukcja II ligi do 16 drużyn przyniosła kaliszanom spadek. Calisia nie sprostała rywalom i po zajęciu 16 miejsca (14 drużyna pozostawała w II lidze) została zdegradowana do III ligi, będącej wówczas ligą wojewódzką. W 1966 roku, kiedy utworzono centralną III ligę, czyli ligę międzywojewódzką, Calisia zakwalifikowała się do niej i grała najpierw w grupie północnej (wielkopolsko-pomorskiej), a później południowej (dolnośląsko-śląskiej), aż do jej likwidacji w 1973 roku, z jednoroczną przerwą.
1973–1988 Od sezonu 1973/74 Calisia występowała w lidze wojewódzkiej. Od momentu powstania Kaliskiego OZPN (1976), grała w klasie A, w klasie okręgowej, a także w klasie międzyokręgowej Kalisz-Sieradz. W sezonie 1981/82 wygrała te rozgrywki i awansowała do nowo utworzonej III ligi, jednak po roku spadła do klasy okręgowej, a potem do A klasy. W 1988 roku Calisia zawiesiła sekcję piłki nożnej.