W tym czasie Dino Cazares był członkiem grupy Asesino, a od 2007 roku stworzył nową formację Divine Heresy.

Archetype (2004) W nowym składzie grupa wydała 20 kwietnia 2004 album pt. Archetype. Wydawnictwo promowały teledyski do utworów „Cyberwaste”, „Archetype” i „Bite the Hand that Bleeds” (wykorzystany w filmie Piła). W warstwie przekazu teksty skupiały się coraz bardziej na tematyce „człowiek przeciw maszynie”. Zespół wziął udział w znaczących trasach koncertowych z grupami Lamb of God, Mastodon w USA i z Mnemic w Europie.

Transgression (2005) Już w rok później, 22 sierpnia 2005, premierę ma kolejny album pt. Transgression. Na płycie było więcej melodyjnego śpiewania i „połamanych” rytmów. Płyta została różnie przyjęta, w niektórych kręgach była krytykowana za „inność”, a w innych chwalona za odwagę i oryginalne rozwiązania. Album wyprodukował Toby Wright, a znalazły się na nim m.in. dwa covery: „I Will Follow” grupy U2, w którym wokal Bella wiernie przypomina głos Bono, oraz „Millennium” zespołu Killing Joke.

Zawieszenie, inne projekty (2006–2008)